8月1日、監督代行の大石が正式に監督に昇格した。 2022年12月1日時点のオリジナルよりアーカイブ。 2023年10月28日時点のオリジナルよりアーカイブ。 その一方で、同月28日にはシーズン初のトレードがDeNAとの間で成立。 その他では、ルーマニア1部のCFRクルジュからウーゴを完全移籍で獲得したが、同年4月10日に「家庭の事情」により退団した。 また、植草裕樹、小林亮がレンタル移籍から完全移籍に移行した。 クナンをレンタル移籍で獲得。 シーズン途中には、C大阪から前田和哉を完全移籍で獲得した。 オサマを完全移籍で獲得。 この年のJリーグアウォーズにおいて、J1フェアプレー賞を獲得した。 この年のJリーグアウォーズにおいて、J1フェアプレー賞を2年連続で獲得した。 2014年1月13日、大阪市東住吉区の駒川商店街で行われた「東住吉区成人の日記念のつどい」に出席し、「1分間連続ハイタッチ」のギネス世界記録に挑戦。 リーグ戦については、開幕から4試合連続未勝利でスタートしたが、第5節広島戦で初勝利を挙げた後、第12節終了時点で4勝2分6敗の13位でワールドカップに伴うリーグ中断期間を迎えた。

リーグ再開後、ヤマザキナビスコカップから機能し始めた4-3-3システムが功を奏し、J1では初めての開催となるみちのくダービーでの勝利（スコア3-1）を皮切りに、浦和やG大阪、横浜FMといった強豪相手にも勝利を収めるなど、徐々に勝ち点を積み上げてJ1残留圏内を維持した。 その後は、怪我人が続出するなど戦力が維持出来なくなり、第16節終了時点でJ2降格圏内の16位まで順位を下げた。 その後、シーズン途中に山崎を獲得して巻き返しを図ったが、崩壊した守備を立て直すことが出来ずに黒星を重ねた。補強面では、懸案であった攻撃陣の弱さを補うべく、鹿島から田代有三、増田誓志をレンタル移籍で獲得した。 その反面、資金的な問題から他クラブに引き抜かれそうな監督や主力選手に対しての金銭面での引き留めは難しく、結果的に彼らの大半はそのまま好条件のクラブへ引き抜かれる事となる。補強面では、鹿島から船山祐二、福岡から大久保哲哉、サンパウロ州リーグ1部（ブラジル）のリオ・

新人では、山形FCユースから栗原祐樹が加入。 サッカー ユニフォーム 安い シーズン途中には、広島から山崎雅人をレンタル移籍で獲得した。新人では、国士舘大から伊東俊、浦和ユースから中村隼、高知大から中野圭が加入した。 シーズン途中には、浦和から赤星貴文を、広島から西河翔吾を、ブラジル1部のアトレチコ・ また、千葉から戦力外通告を受けてトライアウトに参加していた下村東美を、城南一和から元U-23韓国代表ハン・南端はブランダーミル開発地に近い。

ガンペールの出生地がスイスのウィンタートゥールであることから、ユニフォームにWinterthurの文字が入っていた。 リーグ戦については、開幕戦で川崎Fに敗れた6日後に東日本大震災が発生。株式会社みずほフィナンシャルグループと日本代表チームサポーティングカンパニー契約を締結 – 日本サッカー協会・天皇杯は3回戦で明治大学に敗れ（スコア0-3）、日本サッカー史上初となる、公式戦でJ1クラブが大学チームに敗れる波乱となった。天皇杯は準々決勝で清水と対戦したが、PK戦で敗れた。 シルバをレンタル移籍で獲得したが、出場機会を得られないままシーズン途中で退団している。大会終了後の2023年には、フランス代表のキャプテンに就任した。 シーズン終了後、ヘッドコーチの長島裕明がFC東京のトップチームコーチに就任する理由で退団した。

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